SUPPLEMENTARY TABLE 2.

miRNA

Sequence (5' to 3')

Number of clones

 

 

ht

ln

lv

sp

si

co

kd

sk

ts

ov

thy

sc

cx

cb

mb

eye

S

H1

H2

let-7a

UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU

2

19

6

2

 

1

3

4

5

6

 

 

1

 

7

1

10

10

 

let-7b

UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU

1

7

2

1

 

 

3

8

1

8

 

2

 

2

5

1

4

13

 

let-7c

UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU

1

10

4

 

 

 

4

7

3

7

1

1

2

5

19

1

 

3

 

let-7d

AGAGGUAGUAGGUUGCAUAGU

5

2

2

 

 

2

2

1

 

 

 

 

2

 

2

1

1

2

 

let-7ea

UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGU

 

 

 

1

 

 

1

 

 

1

 

 

 

 

2

 

1

2

 

let-7f

UGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU

2

4

1

5

 

 

 

1

1

 

1

 

1

3

3

 

3

1

 

let-7g

UGAGGUAGUAGUUUGUACAGUA

 

1

 

 

 

 

 

2

1

 

 

 

1

1

2

 

 

 

 

let-7hb

UGAGGUAGUAGUGUGUACAGUU

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

1

 

 

 

 

 

let-7i

UGAGGUAGUAGUUUGUGCU

 

1

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

2

1

 

 

1

 

 

miR-1b

UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAA

13

1

2

 

 

 

 

2

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

miR-1c

UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAC

9

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-1d

UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUU

16

 

 

 

 

 

 

4

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

miR-9

UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

5

4

4

 

 

 

 

miR-10

UACCCUGUAGAUCCGAAUUUGU

 

1

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-10b

CCCUGUAGAACCGAAUUUGUGU

 

 

 

 

 

 

1

 

 

3

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-15a

UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG

1

 

1

 

 

 

1

3

 

 

 

 

 

 

2

 

 

3

 

miR-15b

UAGCAGCACAUCAUGGUUUACA

1

 

 

 

 

 

 

2

1

1

1

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-16

UAGCAGCACGUAAAUAUUGGCG

2

5

 

4

1

2

7

4

7

2

3

 

1

2

3

2

1

10

1

miR-17 (miR-91)

CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

2

 

 

 

 

 

 

2

2

H.sap. miR-17*

ACUGCAGUGAAGGCACUUGU

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

7

1

 

miR-18

UAAGGUGCAUCUAGUGCAGAUA

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2

1

miR-19a

UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

1

H.sap. miR-19b

UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA

 

1

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3

11

miR-20

UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

4

 

miR-21

UAGCUUAUCAGACUGAUGUUGA

1

6

1

3

2

1

3

1

 

2

 

 

 

 

 

 

12

10

23

miR-22

AAGCUGCCAGUUGAAGAACUGU

5

2

7

 

1

 

2

3

 

 

 

 

1

 

 

 

3

10

1

miR-23a

AUCACAUUGCCAGGGAUUUCC

2

1

 

 

 

 

2

3

 

 

 

 

 

 

 

 

1

2

6

miR-23b

AUCACAUUGCCAGGGAUUACCAC

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2

miR-24

UGGCUCAGUUCAGCAGGAACAG

1

2

 

 

 

1

 

3

 

 

 

 

1

 

 

 

2

4

2

miR-25

CAUUGCACUUGUCUCGGUCUGA

 

 

 

 

 

 

2

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3

 

miR-26a

UUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCU

3

7

2

 

 

 

5

4

2

 

 

 

1

3

2

2

2

2

 

miR-26b

UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUU

 

1

3

 

 

 

3

 

1

 

 

 

4

1

 

 

1

1

 

miR-27a

UUCACAGUGGCUAAGUUCCGCU

3

9

 

2

 

1

 

6

1

2

 

 

1

2

1

1

5

2

3

miR-27b

UUCACAGUGGCUAAGUUCUG

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

1

 

 

 

1

 

1

 

 

miR-28

AAGGAGCUCACAGUCUAUUGAG

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2

 

miR-29a

CUAGCACCAUCUGAAAUCGGUU

1

2

5

 

 

1

4

2

 

 

 

 

 

1

 

1

 

2

 

miR-29b

UAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUU

2

1

 

 

 

1

2

 

 

 

 

 

6

 

3

 

 

 

1

miR-29c

UAGCACCAUUUGAAAUCGGUUA

1

2

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

3

 

1

 

 

 

 

miR-30a-5p

UGUAAACAUCCUCGACUGGAAGC

2

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

1

 

 

 

 

miR-30a-3p

CUUUCAGUCGGAUGUUUGCAGC

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

2

2

miR-30b

UGUAAACAUCCUACACUCAGC

 

1

 

1

 

 

2

 

 

 

1

 

 

2

 

 

1

 

 

miR-30c

UGUAAACAUCCUACACUCUCAGC

2

1

 

 

 

 

8

1

 

 

 

 

1

1

 

1

 

 

 

miR-30d

UGUAAACAUCCCCGACUGGAAG

 

1

1

 

 

 

2

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

miR-30e

UGUAAACAUCCCUGACUGGA

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-31

GGCAAGAUGCUGGCAUAGCUG

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2

 

miR-32

UAUUGCACAUUACUAAGUUGC

 

1

 

 

 

 

 

1

 

 

1

 

 

 

 

 

 

2

 

miR-33

GUGCAUUGUAGUUGCAUUG

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2

 

miR-92

UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGU

 

1

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3

miR-93

CAAAGUGCUGUUCGUGC

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3

 

1

miR-94

AAAGUGCUGACAGUGCAGAU

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

miR-95

UUCAACGGGUAUUUAUUGAGCA

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

1

miR-96

UUUGGCACUAGCACAUUUUUGC

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2

 

 

4

miR-98/let-7 hom

UGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUU

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

miR-99a

ACCCGUAGAUCCGAUCUUGU

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

1

miR-99b

CACCCGUAGAACCGACCUUGCG

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

1

 

 

miR-100

AACCCGUAGAUCCGAACUUGUG

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

miR-101

UACAGUACUGUGAUAACUGA

 

 

 

 

 

 

1

3

 

 

 

 

2

1

1

 

 

 

1

miR-105

UCAAAUGCUCAGACUCCUGU

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3

miR-106

AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGC

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

miR-122a

UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUGU

 

 

11

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-122b

UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUGA

 

 

16

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-122a,b

UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG

1

 

32

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-124a

UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

4

39

41

24

52

 

 

 

miR-124b

UUAAGGCACGCGGGUGAAUGC

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

8

3

 

 

 

 

 

miR-125a

UCCCUGAGACCCUUUAACCUGUG

 

 

 

 

 

 

2

2

 

 

 

1

1

1

 

1

 

 

 

miR-125b

UCCCUGAGACCCU--AACUUGUGA

1

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

2

 

 

 

miR-126* (miR-123)

CAUUAUUACUUUUGGUACGCG

1

6

6

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-126 (miR-123*)

UCGUACCGUGAGUAAUAAUGC

7

19

8

1

 

 

8

5

 

 

1

 

 

1

 

 

 

 

 

miR-127

UCGGAUCCGUCUGAGCUUGGCU

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

miR-128

UCACAGUGAACCGGUCUCUUUU

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2

4

2

 

 

1

 

miR-129a

CUUUUUUCGGUCUGGGCUUGC

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

miR-129b

CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGUU

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

1

1

 

 

miR-130

CAGUGCAAUGUUAAAAGGGC

1

 

 

 

 

 

2

1

 

 

 

 

 

1

 

 

4

2

 

miR-131

UAAAGCUAGAUAACCGAAAGU

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

1

1

 

 

 

 

miR-132

UAACAGUCUACAGCCAUGGUCGU

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

1

 

 

 

 

 

miR-133

UUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU

4

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

miR-134

UGUGACUGGUUGACCAGAGGGA

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

miR-135

UAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGAA

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

miR-136

ACUCCAUUUGUUUUGAUGAUGGA

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

miR-137

UAUUGCUUAAGAAUACGCGUAG

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

1

 

 

 

 

miR-138

AGCUGGUGUUGUGAAUC

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

miR-139

UCUACAGUGCACGUGUCU

 

 

 

 

 

1

 

1

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

miR-140-5p

AGUGGUUUUACCCUAUGGUAG

 

 

 

 

1

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-140-3p

UACCACAGGGUAGAACCACGGA

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

miR-141a

AACACUGUCUGGUAAAGAUGG

 

 

 

1

1

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

miR-142-5p

CAUAAAGUAGAAAGCACUAC

 

 

 

 

1

1

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-142-3p

UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGG

 

1

1

2

1

6

 

4

 

 

6

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-143a

UGAGAUGAAGCACUGUAGCUCA

4

6

2

7

 

 

9

3

5

3

1

1

2

 

1

 

1

 

 

miR-143b

UUAGAUGAAGCACUGUAG

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

miR-144

UACAGUAUAGAUGAUGUACUAG

4

1

 

1

 

1

 

2

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-145

GUCCAGUUUUCCCAGGAAUCCCUU

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-146

UGAGAACUGAAUUCCAUGGGUUU

1

3

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-147

GUGUGUGGAAAUGCUUCUGCC

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-148

UCAGUGCACUACAGAACUUUGU

1

 

 

1

 

 

 

1

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-149

UCUGGCUCCGUGUCUUCACUCC

1

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-150

UCUCCCAACCCUUGUACCAGUGU

 

 

 

3

 

1

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-151

CUAGACUGAGGCUCCUUGAGGU

 

1

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-152

UCAGUGCAUGACAGAACUUGG

 

 

 

 

 

1

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-153

UUGCAUAGUCACAAAAGUGA

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

1

 

miR-154

UAGGUUAUCCGUGUUGCCUUCG

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

miR-155

UUAAUGCUAAUUGUGAUAGGGG

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-181

AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU

 

1

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

2

 

 

 

miR-182

UUUGGCAAUGGUAGAACUCACA

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

miR-183

UAUGGCACUGGUAGAAUUCACUG

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

miR-184

UGGACGGAGAACUGAUAAGGGU

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2

 

 

 

miR-185

UGGAGAGAAAGGCAGUUC

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

miR-186

CAAAGAAUUCUCCUUUUGGGCUU

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

1

 

 

miR-187

UCGUGUCUUGUGUUGCAGCCGG

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-188

CAUCCCUUGCAUGGUGGAGGGU

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-189

GUGCCUACUGAGCUGACAUCAGU

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-190

UGAUAUGUUUGAUAUAUUAGGU

 

 

 

 

 

 

2

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-191c

CAACGGAAUCCCAAAAGCAGCU

 

 

 

2

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-192a

CUGACCUAUGAAUUGACA

 

 

2

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-193

AACUGGCCUACAAAGUCCCAG

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-194

UGUAACAGCAACUCCAUGUGGA

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-195

UAGCAGCACAGAAAUAUUGGC

 

2

 

 

 

 

1

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-196

UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGG

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

1

 

 

miR-197a

UUCACCACCUUCUCCACCCAGC

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3

 

 

miR-198a

GGUCCAGAGGGGAGAUAGG

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2

 

 

miR-199-5p

CCCAGUGUUCAGACUACCUGUU

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2

 

 

miR-199-3p

UACAGUAGUCUGCACAUUGGUU

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-200a

UAACACUGUCUGGUAACGAUG

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-200b

UAAUACUGCCUGGUAAUGAUGAC

 

2

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-201c

UACUCAGUAAGGCAUUGUUCU

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-202

AGAGGUAUAGCGCAUGGGAAGA

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-203

UGAAAUGUUUAGGACCACUAGA

 

 

 

 

 

 

 

2

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-204

UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCUG

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

miR-205

UCCUUCAUUCCACCGGAGUCUG

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-206d

UGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGG

 

 

 

 

 

 

 

2

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-207

GCUUCUCCUGGCUCUCCUCCCUC

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1

 

 

 

 

 

 

 

 

miR-208

AUAAGACGAGCAAAAAGCUUGU

1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Mouse and human miRNA sequences. The mouse miRNA sequences are shown by default. If differences between mouse and human orthologous sequences are found, the human miRNA sequence is listed on a separate line with H. sap. as prefix. The number of clones identified from the indicated mouse tissues or the human osteoblast sarcoma cell line Saos-2 and cervical cancer derived HeLa cells are presented. Abbreviations: ht, heart; ln, lung; lv, liver; sp, spleen; si, small intestine; co, colon; kd, kidney: sk, skin; ts, testis; ov, ovary; thy, thymus; sc, spinal cord; cx, cortex; cb, cerebellum; mb, midbrain; S, Saos-2; H1, HeLa SS3 (this study and (Lagos-Quintana et al., 2001)); H2, HeLa published by (Mourelatos et al., 2002).

Footnotes:

aCloned sequence not found in the mouse gemone database.

bCloned sequence not found in any genome database.

cCloned sequence not found in the human genome database.

dmiR-206 is homologous to miR-1 variants but has three A to G single-nucleotide changes.